La siembra de refugio es una BPA fundamental para todas las tecnologías Bt. Consiste en la siembra de una porción del lote, en la misma fecha, con un híbrido/variedad no Bt de similar ciclo de madurez que la del cultivo Bt. Es una herramienta clave para disminuir la presión de selección de resistencia de insectos a las proteínas Bt.
El refugio funciona como reserva de insectos susceptibles, y permite que los insectos resistentes que pudieran sobrevivir sobre la porción Bt del lote, encuentren individuos susceptibles para cruzarse y generen descendencia susceptible, manteniendo baja la frecuencia de insectos resistentes.
Si no hubiera refugio, los eventuales insectos resistentes seleccionados en el cultivo Bt se cruzarían entre ellos, aumentando rápidamente la frecuencia de insectos resistentes en la población.
La proporción del lote que debe destinarse a refugio y la distancia máxima a la que debe sembrarse dependen de cada cultivo y sus plagas principales. Para cada cultivo Bt se han establecido los tamaños y las distancias adecuadas para la correcta implementación del mismo, de manera de generar un número suficiente de insectos susceptibles y maximizar las probabilidades de que estos se apareen con los resistentes.