El Refugio cumple un rol clave en la sostenibilidad de la tecnología Bt. Su función es proporcionar un espacio donde los insectos susceptibles puedan desarrollarse y cruzarse con los individuos resistentes que puedan surgir en la porción Bt del lote. Este proceso ayuda a mantener el equilibrio en la población de plagas, evitando que la resistencia se propague rápidamente.
Sin refugio, los insectos resistentes se cruzarían entre sí, aumentando su frecuencia y reduciendo la efectividad de la tecnología. Para garantizar su funcionamiento, es fundamental sembrar refugio en al menos el 10% del lote. De esta manera, se protege la inversión y se asegura la rentabilidad del cultivo Bt a largo plazo.